Женский футбол на Кубани появился в 1988 году, когда в Краснодаре был образован первый футбольный женский клуб — «Жемчужина». В сезоне-89 команда, уже под названием «Седин-Шисс» заняла 27 место в чемпионате СССР. После распада Союза коллектив был включен в состав Высшей лиги чемпионата России. В 1993 году он стал называться «Кубаночка» и попробовал себя в чемпионате России, правда пока среди команд второй лиги. В элите российского футбола краснодарские девушки провели шесть лет, с 1996 по 2001 годы, завоёвывая седьмое (1998), шестое (1996, 1997, 1999), пятое (2000) и четвёртое (2001) место. Но из-за финансовых проблем команда прекратила свое существование.

Второй датой рождения «Кубаночки» стало 19 января 2007 года. Благодаря администрации Краснодарского края и Краснодарской краевой федерации футбола была собрана новая команда. Основная миссия новой «Кубаночки» звучала так: «Мы там, где девчонки играют в футбол». Президентом и главным тренером новой команды стала воспитанница кубанского футбола, экс-игрок ведущих клубов России и Германии, мастер спорта России — Татьяна Зайцева. Помогала ей на этом непростом поприще другая выдающаяся кубанская футболистка — мастер спорта России Наталья Дыгай.

На базе СДЮСШОР по игровым видам спорта в 2007 году была создана команда «Кубаночка-СДЮСШОР», официальный дебют которой состоялся 29 апреля 2007 года. Коллектив провёл матч 1/8 Кубка России против ростовского клуба «СКА-Ростов». Своё боевое крещение «Кубаночка» прошла, дебютируя в первенстве России среди команд первого дивизиона, и заняла пятое место. В том сезоне, средний возраст кубанских футболисток составлял 16 лет.

Спустя год после возрождения клуба, в 2008 году коллектив уже стоял на пьедестале почёта среди команд Первого дивизиона чемпионата России, став бронзовым призером. В 2009 году «Кубаночка» пробила себе дорогу в Высший дивизион. В спортивном сезоне 2011-2012 в клубе был сформирован дублирующий состав, который принял участие в первенстве России среди клубов Первого дивизиона и занял 3 место с зоне «Юг». В 2014 году «Кубаночка-Д» стала победителем первенства России среди дублирующих составов клубов Высшего дивизиона.

В сезоне-2013 футболистки основного состава впервые за новейшую историю клуба поднялись на пятую строчку в турнирной таблице среди команд Высшего дивизиона и удержали эту позицию в 2014. В этом же году руководство Краснодарского края приняло решение расширить клуб и создать команду Первого дивизиона — «Кубаночка-М». Главной идеей стали популяризация и развитие женского футбола в Краснодарском крае. Команда была полностью укомплектована кубанскими футболистками, возраст которых составлял 15 -16 лет.

Краснодарский коллектив на протяжении трёх лет подряд (2014, 2015, 2016) становится серебряным призёром Кубка России. Неизменный президент и главный тренер клуба Татьяна Зайцева в декабре 2016 года стала первым тренером-женщиной в России получившей лицензию категории А - UEFA. На протяжении десяти лет «Кубаночка» всегда готовила отличный резерв для сборных команд России различных возрастов. Именно выступая в Краснодаре в национальную команду России стала вызываться голкипер Юлия Гриченко, а вместе с ней еще одна кубаночка — Елена Костарева в 2015 году завоевали серебряные медали на Всемирной Универсиаде в Кванджоу. В этом году в состав национальной сборной России включены шесть футболисток «Кубаночки»: полузащитники Елена Костарева, Елена Морозова, Ксения Веселуха, Наталья Соколова, защитник Наталья Солодкая и вратарь Татьяна Щербак. Вызываются кубаночки в юниорскую и молодёжную сборную России. В 2016 году вызовы в национальные команды разных возрастов получили 16 футболисток, что является беспрецедентным за всю историю существования клуба. В коллективе вот уже много лет играет Елена Порожнюк — неизменный капитан «Кубаночки» и сборной Молдавии .

Особенность краснодарского клуба состоит в том, что он полностью опирается на доморощенных игроков. При непосредственном участии «Кубаночки» в 30 муниципальных образованиях региона открыты секции по женскому футболу. В них трудятся 59 тренеров, 9 из них девушки, завершившие профессиональную карьеру игрока. В этих секциях и воспитываются будущие дарования для футбольного клуба. «Кубаночка» при поддержке ФИФА и РФС уже много лет проводит в Сочи международный фестиваль женских молодёжных сборных команд «Кубанская весна». На этот турнир коллектив делегирует своих воспитанниц не только в сборную России, но выставляет сборную команду Краснодарского края. Уже 12 лет, как визитной карточкой клуба является ежегодный краевой турнир по футболу «Жемчужная бутса», проводимый в четырёх возрастных группах (до 15, до 13, до 11, до 9 лет), который собирает под свои знамена свыше 65 команд из разных уголков края.

В этом году «Кубаночка» готовится к чемпионату России и ставит в спортивном сезоне 2017 года самые высокие цели.

Достижения «Кубаночки»:

3 место в Первом дивизионе первенства России (сезон 2008)

1 место в Первом дивизионе первенства России (сезон 2009)

1 место в первенстве России среди дублирующих составов клубов Высшего дивизиона (сезон 2012-2013)

2 место в первенстве России среди дублирующих составов клубов Высшего дивизиона (сезон 2013)

1 место в первенстве России среди дублирующих составов клубов Высшего дивизиона (сезон 2014)

5 место в чемпионате России (сезон 2013, 2014)

Серебряные медали Кубка России (сезоны 2014, 2015, 2016)